1、酒侍侦探天桐！消失的喷嚏熊之谜
2、洛托姆VS大木博士
3、白色遗迹！小智对N
4、大岩蛇岛野外求生
5、石丸子！发射光泽电炮吧
6、飞云市！百足蜈蚣恐慌
7、我的梦想、宝可梦大师
8、吹寄道馆VS风露空中决战
9、喷火龙＋烈咬陆鲨＋铁火辉夜＋迷你q＋巨牙鲨＋蜈蚣王。
10、皮卡丘VS黑眼鳄VS鸭宝宝
11、藤藤蛇·迷人收服
12、激战东·乔治格斗大会！劈斩司令对炎武王
13、通往龙系大师之道！牙牙VS赤面龙
14、道馆训练家是超级模特儿！小菊儿登场
15、爆爆头GO！爆爆头水牛NO
16、救出牙牙！铁蚁的巢穴
17、芽吹鹿！春夏秋冬全部到齐
18、阿戴克是合众地区的联盟冠军，但是在动画里他的存在感很低，一方面是因为动画到了这一季时改了很多，比如火箭队变得更加聪明不卖萌了，另一方面就是这个冠军真的不起眼，除了出门溜达放牛以外，基本没有出手机会，在游戏里还被年轻的爱丽丝给打败了，真的让人记不来他是个冠军。
19、白热化的东·乔治对战！导电飞鼠VS打击鬼
20、炎之回忆！暖暖猪VS炎武王
21、天桐与伯特，兄弟对决！爆香猴VS花椰猴
22、向基拉祈许愿吧！七日间的奇迹
23、阿戴克。
24、恋爱中的木棉球乘风飞翔
25、红豆杉研究所！展开新旅行
26、电影对决！合众防卫队出击
27、二对二对战！皮卡丘·混混鳄VS蜈蚣王·蟾蜍王
28、艾莉丝与小霸王快龙
29、歌唱吧，美洛耶塔爱的旋律
30、首先得获得七个徽章，打败七个道馆的馆主，等你有一定实力以后才能进
31、化石复活！古代怪鸟始祖大鸟
32、东·乔治格斗大会开幕！滑头小子对花椰猿
33、蜈蚣王发飙!救出牙牙
34、天之箭桥与歌德小姐
35、小智、艾莉丝、修帝！最后的对决
36、电浆团的野心！被操纵的神奇宝贝
37、七宝市！博物馆大冒险
38、龙卷云VS雷电云VS土地云（前篇）
39、前往彩虹另一头！街头沙铃的音乐剧
40、酒侍侦探天桐！大海原的密室
41、哈奇库登场！火神虫的圣山
42、泡沫栗鼠有洁癖
43、牙牙迷路走失了
44、火红不倒翁与达摩狒狒!钟塔的秘密
45、电浆团袭击！复活的仪式
46、青海波道馆赛！巨翅飞鱼VS大剑鬼
47、青少年杯开幕！快龙对冻原熊
48、不断继续吧东·乔治格斗大会！赤面龙对劈斩司令
49、艾莉丝与牙牙
50、艾莉丝，回到龙之乡
51、通讯交换进化！骑士蜗牛和敏捷虫
52、钓鱼酒侍！天桐登场
53、道别与相遇的青少年杯
54、罗斯山的激战！肋骨海龟的奇迹（后篇）
55、世界上第一华丽的神奇宝贝！奇诺栗鼠对藤藤蛇
56、音波飞龙登场！彗星与勇者的传说
57、德科罗拉群岛的海贼王
58、前往合众地方！捷克罗姆的身影
59、大堇登场，伞电蜥与坐骑山羊
60、打击鬼登场！小智对肯尼洋
61、灵兽型态合力进击！合众最大的危机
62、幻影之岛！雾中的索罗亚克
63、天桐VS冰之挑战者！三曜道馆的危机
64、电飞鼠、加入火箭队
65、决战东·乔治格斗大会！投射鬼对打击鬼
66、小智与艾莉丝绝交！离别的道路
67、）6：梦之迹地！梦娜与梦莎娜!!（小智得到三洋徽章，田都加入）（火箭队调查梦之遗迹，收集到三洋市未来能源的数据）NO2.七宝市-一般系道馆7：用颓废收服·草藤蛇!（小智收服藤藤蛇）8：达摩仔与达摩狒狒！时计塔的秘密！！9：暴走大角蜈蚣，拯救牙牙！10：劲敌对战，强敌普鲁水母！（小智VS修提）（火箭队侦探火石出场）11：寄岩蟹，返回自己的家（田都收服寄岩蟹）（火箭队收集到流星骑士的数据）12:破袋怪战队与秘密基地（小智得到宠物小精灵的蛋）13:奇拉米是洁癖！（贝儿登场，贝儿收服奇拉米，小智获得徽章盒）14.七宝市!博物馆大冒险!!（七宝市道馆训练家阿芦荟出场）15.七宝道馆赛!VS道馆训练家阿芦荟!!(小智挑战七宝道馆落败，火箭队成功偷换陨石)16.再战七宝道馆!新技炸裂!!（小智得到基本徽章，使用暖暖猪和水水獭出战。
68、蓝蟾蜍、泥巴鱼！水边的战斗
69、滑头小子与任性的哥德宝宝
70、龙卷云VS雷电云VS土地云（后篇）
71、再次挑战七宝道馆！新绝招爆发
72、罗斯山的激战！肋骨海龟的奇迹（前篇）
73、伊布队出动！神奇宝贝救援队
74、雷文道馆！华丽的电击对战
75、种子铁球研究所！艾莉丝与双倍多多冰
76、神奇宝贝酒侍对决！品评对战
77、N再度现身！拯救勇士鹰作战
78、关都联盟，成都联盟，丰缘联盟，神奥联盟，合众联盟，卡洛斯联盟，阿罗拉联盟，加勒尔联盟
79、敏捷战士对几何雪男
80、交涉喵·喵喵！头巾混混说服作战
81、烛光灵大宅的恐怖故事
82、小灰怪与不明飞行物体
83、神奇宝贝幼儿园大骚动！毛头小鹰与秃鹰小子
84、黑英雄的遗迹！象征鸟与死神棺
85、从蛋中孵出的小霸王
86、再见水水獭！通往扇贝贝王之道
87、小智与巴大蝴！直到再会的那一天
88、破破袋战队与秘密基地
89、要小心扒手猫！喵喵与水水獭
90、脱壳忍者＋耿鬼＋天蝎王＋吉利蛋＋盔甲鸟＋超坏星。
91、电电虫、电蜘蛛！电石洞穴
92、小智对冠军·阿戴克
93、激战立涌道馆VS霍米加（后篇）
94、开幕！合众联盟·桧垣大会!小智对修帝
95、美洛耶塔与海底的神殿
96、甘甜蜂蜜充满危险
97、水水獭！黑眼鳄！危在旦夕
98、天桐与小刚！暴鲤龙的逆鳞
99、天空和大地的双打对战
100、双龙道馆，艾莉丝对夏卡
101、雪花道馆赛！冰之对战场地
102、决战合众联盟！皮卡丘对路卡利欧
103、大宇怪与双卵细胞球与梦境小偷
104、神奇宝贝第四部目录1：伊修地方！捷克罗姆的影子!(爱丽丝、修提、紫杉博士登场）（修提选择草藤蛇，皮卡丘被塞库罗姆的闪电击中无法使用电气系绝招）NO1.三曜市----水、草、火系道馆2：艾莉丝与牙牙!!（皮卡丘恢复正常，小智的旅行开始.爱丽丝加入，火箭队三人组的神奇宝贝寄放在本部（喵喵除外）（武藏收服到滚滚蝙蝠，小智收服到灰豆鸽）3：水水獭！黑目鳄！危机一发！！（小智收服到水水獭）4：对战俱乐部！迷之神奇宝贝登场！！(小智收服到暖暖猪）5：三曜道馆VS火花猴冷水猴草叶猴！（田都登场）（小智挑战三曜道馆，使用暖暖猪，皮卡丘和水水獭出战。
105、梦的遗址！食梦梦和梦梦蚀
106、交涉喵·喵喵！突破冻原熊的森林
107、石居蟹！取回自己的家吧
108、艾莉丝与单首龙!抚养屋修行
109、热斗！从劲敌对战中胜出
110、袋龙＋土地云灵兽＋甲贺忍蛙＋迷你q＋喷火龙＋冰鬼护。
111、全体集合！东·乔治对战
112、对战俱乐部！神秘的神奇宝贝现身
113、酒侍对决！石居蟹VS双刃丸
114、先登录游戏，然后招募队友一起组成联盟后就可以合作完成任务来打光点联盟
115、劲敌对战！强敌轻飘飘
116、飞云道馆赛！纯情之心的虫系神奇宝贝对战
117、导电飞鼠VS藤藤蛇！交换伏特大混乱
118、前进吧！坐骑山羊
119、小智、天桐对地下铁总控官
120、火箭队对电浆团！喵喵与阿克罗玛
121、雾之算木牧场！电龙的灯光！
122、紧急出动！神奇宝贝海岸救援队
123、发光的飞碟！大宇怪之城
124、决战东·乔治对战！小智对艾莉丝
125、三曜道馆VS爆香猴、冷水猴、花椰猴
126、宝藏之谜！无人岛冒险
127、索罗亚电影！神奇宝贝骑士传说
128、劲敌对战!迷你冰、搬运小匠参战
129、矢车森林！虫宝包与亚堤
130、力量对决！艾莉丝对小光
131、再见了合众！新的乘船之旅
132、艾莉丝VS小椿！通往龙系大师之路
133、激战东·乔治对战！藤藤蛇VS驹刀小兵
134、波加曼VS花椰猴
135、吹寄道馆的空想对战!挑战者天桐
136、疾奔！对战地下铁（后篇）
137、雷希拉姆对N！理想和真实的那一方
138、新道馆训练家！黑连
139、朋友……他的名字是N
140、关东地区：冠军小茂，擅长属性：多种城都地区：冠军渡，擅长属性：龙系芳缘地区：冠军大吾，擅长属性：钢系芳缘地区：冠军米可利，擅长属性：水系新奥地区：冠军希罗娜，擅长属性：多种合众地区：冠军阿戴克，擅长属性：多种新合众地区：冠军爱丽丝，擅长属性：龙系卡洛斯地区：冠军卡露乃，擅长属性：多种
141、地底的道馆赛！VS菊老大
142、要小心可爱脸蛋！导电飞鼠电到发麻
143、进入前提：打通现实世界联盟拿到日月之羽（在森之洋馆）和三日月之羽（通关后水静市旅馆二楼领取）到古辰镇右边的梦之实验室把羽毛给博士打完四个地区的冠军（打通现实世界联盟）前提激活后：到博士左边的床上睡觉醒来后走出房子，向上走，穿过启程之路，到达梦之城，正中间有个瀑布，爬上去，直走，你就看到联盟的大门了
144、疾奔！对战地下铁（前篇）
145、N的秘密…在雾的远方
146、消失的扇贝贝！水水獭最大的危机
147、超级愿望！直到再会的那一天
148、燃烧吧！喷火龙VS快龙
149、小智对虎彻!秘密武器三头龙！
150、酒侍侦探天桐！差不多娃娃失踪事件
151、小桩与艾莉丝！异色的赤面龙
152、口袋妖怪究极绿宝石最强阵容推荐
153、突破难关！登上天空之塔
154、龙之破坏者登场！艾莉丝与龙头地鼠
155、激战立涌道馆VS霍米加（前篇）
156、阿克罗玛VS帅哥！电浆团的阴谋
157、七宝道馆赛VS道馆训练家·芦荟
158、斗笠菇＋喷火龙＋暴鲤龙＋迷你q＋土地云灵兽＋卡噗蝶蝶。
159、彩幽市，就是最后一个点亮的城市参加那个你需要先穿过冠军之路到达联盟中心，开始挑战之后不能退出来了、所以最好先存个档，买足药水，准备各系顶级精灵，建议超梦，三头龙，基拉帝纳（冥王龙），神柱王这个比较能抗能打